Trassel med träckprover

Nu var det ett tag sedan det publicerades något inlägg här på skitbloggen, så det är hög tid för en uppdatering. I höstas skickade vi iväg träckprover för DNA-sekvensering av mikrobiomet. Det innebär att man kan få fram vilka mikrobarter som finns i provet genom att analysera alla mikrobernas DNA. Det är en teknik som används inom många olika områden, för såväl så små organismer som bakterier som större organismer som tex hästens hela genom (helgenomsekvensering). Mer om tekniken finns att läsa här: https://www.folkhalsomyndigheten.se/mikrobiologi-laboratorieanalyser/laboratorieanalyser-och-tjanster/next-generation-sequencing-och-bioinformatik/

Vi såg med stor spänning fram emot resultatet – skulle en förklaring till varför vissa hästar drabbas av fri fekal vätska hittas i mikrobpopulationens sammansättning? Tyvärr får vi vänta lite till på svaret, då något gått fel i analysen, så pass fel att den behöver göras om. Det kan inträffa med den här typen av analyser, det är känsliga analyssystem och ett litet fel någonstans i processen kan göra resultatet omöjligt att tyda. Det är dessutom en analys som talar om vilka mikrobers DNA som finns i provet, inte vad de gör eller hur aktiva de är – det behöver man ha annan analysmetodik för (t ex analys av pH och flyktiga fettsyror). Det är värt att ha detta i åtanke, då det numera finns företag som hävdar att de kan ge utfodringsråd till hästen efter hur dess mikrobpopulation i träcken ser ut. Det är dock råd som ges utan vetenskaplig förankring eller tillräckliga kunskaper om samband mellan hälsa/ohälsa och mikrobsammansättning– faktum är att vår samlade kunskap om hästens grovtarmsmikrober och hur de svarar på olika typer av foder eller utfodringsstrategier, och vad det svaret betyder för hästens hälsa, är väldigt knaper. Det behövs många fler studier där friska och sjuka hästar undersöks med avseende på grovtarmens mikrobflora (sammansättning och funktion) innan några sådana utfodringsrekommendationer är ekonomiskt, och etiskt, försvarbara.

Nåväl- hur blir det då med träckproverna i studien? Jodå, de skickas för ny analys, och vi förväntar oss att få svar under våren 2019. Till dess pågår bearbetning av övriga analysdata, som faktiskt ger indikationer på att grovtarmsmikroberna hos hästar med fri fekal vätska har en något avvikande aktivitet jämfört med hos hästar utan fri fekal vätska. Det ger oss förhoppningar om att kunna få ytterligare ledtrådar till varför och hur fri fekal vätska uppkommer hos en del hästar. På återhörande! // Cecilia Müller

Kommentera

E-postadressen publiceras inte. Obligatoriska fält är märkta *