Många har hört av sig och undrat vad som har hänt hittills i projektet. Då det både är enkätdata, foder- och träckdata som samlats in och ska analyseras, så blir det en hel del att skriva om. Därför tänkte jag börja berätta mer om träckproverna, vilka analyser som gjorts och lite om vad vi har kunnat se hittills. I tidigare inlägg har vi skrivit om osmolalitet och partikelstorlek i träck, så nu tänkte jag berätta om några av de övriga analyser som utförts.
Det första som hände när proverna anlände var att en del av provet pressades så att pH kunde analyseras på pressvätskan från träcken. Vid jämförelse av pH mellan hästar med och utan fri fekal vätska (FFV) kunde vi inte se några skillnader i träckens pH-värde. pH presenteras ofta i litteraturen i artiklar gällande utfodring kopplat till mag-tarmkanalens hälsa. Däremot saknas det standardiserade metoder för hur man ska mäta pH vilket gör det svårt att uttala sig om och jämföra pH mot andra studier. Vi har därför påbörjat en metodstudie för att se hur pH värdet påverkas av förvaring och temperatur. Pressvätskan från pH studien förvarades sedan i frysen för senare analys av flyktiga fettsyror (VFA). Innehållet av träckens VFA är kopplat till foderstatens andel av grovfoder och kraftfoder (mer acetat om det är en grovfoderbaserad diet och mer propionat om hästen får en mer stärkelserik diet). Det ska bli intressant och se om det finns några skillnader i foderstaterna mellan grupperna och om det i sin tur påverkar träckens VFA-innehåll.
Direkt vid ankomst skickades även prover till SVA för analys av Clostridium Difficile och Clostridium Perfringens, två bakterier som tidigare har associerats med förändrad träckkonsistens hos hästar (diarré och kolit). Vi valde att analysera detta för att kunna utesluta att förekomsten av FFV var orsakad av dessa bakterier. Provresultaten var negativa och vi kunde därför utesluta att den förändrade träckkonsistensen hos hästarna i studien berodde på tillväxt av dessa bakterier.
Just nu analyserar vi vilka mikrober som finns i hästarnas träck och om det är någon skillnad i vilken typ av mikrober som finns mellan hästar med och utan FFV. Tidigare studier har påvisat skillnader i träckmikrobiotans sammansättning mellan hästar med och utan kolit, och även med och utan kolik. Efter att ha extraherat DNA från träcken, kört PCR för att göra träckens DNA tillgängligt lämnades proverna in för illuminasekvensering. Sekvenseringen är sista steget i analysen som gör att man kan se vilka mikrober som finns i träcken. Vi har precis fått tillbaka resultatet och påbörjat sammanställningen av data. Det ska bli riktigt spännande att se om vi kan hitta några skillnader i träckens mikrobiota mellan hästar med och utan FFV.
/Katrin
Källor:
Daly, K., Proudman, C. J., Flint, H. J., & Shirazi-Beechey, S. P. (2010). Effect of diet on equine gut microbiota. Journal of Dairy Science, 93 (Suppl. 1), 284.
Diab, S. S., Songer, G., & Uzal, F. A. (2013). Clostridium difficile infection in horses: a review. Veterinary microbiology, 167(1-2), 42-49.
Müller, C.E., von Rosen, D. & Uden, P. (2008). Effect of forage conservation method on microbial flora and fermentation pattern in forage and in equine colon and faeces. Livestock Science, vol. 119 (1-3), ss. 116-128.